2  Algumas características do Jmol como visualizador molecular:

  1. Programa didático e intuitivo;

  2. Programa completo de distribuição e código-fonte livres, não restrito à versões demonstrativas ou educacionais;

  3. Não requer instalação, apenas inicialização de arquivo executável em Java.

  4. Como não possui instalação, basta copiar o diretório do programa pra uso em mídias removíveis;

  5. Permite salvar a imagem como um PNG interativo, cujo arquivo pode ser aberto num visualizador de imagens, ou de forma integrada, diretamente no Jmol.

  6. Se imagens renderizáveis, basta clique-e-arraste da mesma à janela do Jmol;

  7. Permite rodar independentemente da linguagem Java, por applet JSmol, inteiramente em HTML5, o que permite seu uso por qualquer navegador de internet;

  8. Permite inserção de modelos tridimensionais em páginas da internete por JavaScript;

  9. É bastante empregado na produção de imagens e modelos dinâmicos em diversos sites e livros;

  10. Possui um número elevado de tutoriais disponíveis online.

  11. Adota linhas de comando simples;

  12. Facilita a identificação de erro de digitação, mostrando destacando em vermelho a linha de comando; 1 Permite scripts salvos como vídeos por um conjunto sequencial de comandos;

  13. Permite uso de mais de uma seção ao mesmo tempo;

  14. Permite uso de kit de ferramentas de desenvolvimento para outros aplicativos em Java.

  15. Permite Menu customizável pelo usuário;

  16. Possui user group bastante ativo na internet;

  17. Roda as imagens em HTML5, o que permite independência de dispositivo (móvel ou não) e de sistema operacional;

  18. Inclui análise de simetria cristalográfica.

  19. Carrega e permite a produção de diversos formatos de superfícies moleculares (van der Waals, superfície molecular, área acessível ao solvente - SAS, potencial eletrostático);

  20. Permite carregamento de arquivos acima de 60 formatos, incluindo Protein Data Bank (PDB), Crystallographic Information File (CIF), MDL Molfile (mol), e Chemical Markup Language (CML), bem como sessões do Pymol (PSE);

  21. Permite carregamento da molécula a partir da internete, pela introdução de código PDB, SMILES ou PubChem, além de linguagem SMART;

  22. Exporta para GIF, JPG, PNG, PDF, WRL, POV-Ray, e OBJ;

  23. Possui biblioteca genérica JavaScript para Swing.

  24. Permite leitura de formatos espectroscópicos de JCAMP-DX, CML, AnIML por JSpecView.

  25. Permite simulação de espectrogramas de 1H e 13C de NMR.

  26. Produz espectros interativos em formato PDF de IR, Raman, NMR, GC/MS, e UV/VIS;

  27. Suporta cálculos de energia e minimização (MMFF94/UFF).

  28. Permite alinhamento de estruturas;

  29. Apesar de não realizar ou possuir extensão para módulos de modelagem, simulação ou dinâmica molecular, permite um esboço de parte dessas ações (ex: otimização de estrutura secundária de proteínas, rastreamento de sítios prováveis de interação).

  30. É mais limitado para atividades de alinhamento de estruturas para comparação ou mutações dirigidas, em relação a alguns concorrentes;

  31. Possui pouquíssimos plugins, contrariamente a alguns concorrentes;

  32. Renderiza imagens vetoriais com alta qualidade para publicação, embora de forma indireta (POV-ray);

  33. Trata-se de programa para visualização molecular com linhas de comando e programação acessível por navegador, o que o diferencia de seus concorrentes.